Stargate Atlantis

Når Atlantis’ begynner å stenge ned fra et skadet strømsystem, slår Rodney McKay av alle ikke-viktige systemer. Men på McKay innser at byens skjold kan svikte fullstendig på bare 28 timer, og innbyggerne vil bukke under for vakuumet i verdensrommet.

Ob. ltn. Sheppard leder et dristig raid for å sikre en ZPM som vil redde Atlantis. Når replikatorene blir bevisst på inntrengningen i byen deres, må Sheppards team holde dem unna eller gi opp oppdraget og håpet om å redde Atlantis.

Ronon får kontakt med en gruppe satedaner fra fortiden, som hyrer Atalantis-teamets hjelp på et farlig oppdrag mot skrømtene. Men etter at Atlantis-mannskapet blir fanget, står Ronon overfor sannheten om de gamle vennenes nye lojaliteter.

Under en utforskende vandring på en jungelplanet rører ob. Ltn. Sheppard en glødende krystallinsk vekst og blir vert for en smittsom energiform. Når på Atlantis, begynner vesenet å bevege seg fra person til person, og setter hele mannskapet i fare.

På vei tilbake til Atlantis blir ob. ltn. Sheppard tatt til fange av et opprørerskip, styrt av en nådeløs menneskelig kommandør med en hemmelig agenda. Mens teamet leter, blir Sheppards oppfinnsomhet satt på prøve mens han prøver å holde seg i live.

Med Atlantis plaget av et amnesi-forårsakende virus, våkner McKay opp uten noen idé om hvem han er eller hva som skjer. Ved å følge instruksjoner fra en video han tok opp, frir McKay seg selv og drar for å finne nøkkelen til å løse mysteriet.

Når de ankommer Nye Athos for et overnattingsbesøk, oppdager Teyla og dr. Keller at hele bosettingen er forlatt og deres egne liv står i fare fra Bola Kai, en vill krigerstamme. Paret må unngå å bli fanget inntil Atlantis sender et letemannskap.

Fortsatt uten spor av athosianerne, ber Teyla om et utenomjordisk besøk for å treffe en seer, Davos, som kan hjelpe henne å finne folket hennes. Samtidig, på Atlantis, ankommer agent Woolsey for å observere og vurdere ob. Carter.

Etter å ha jobbet med Replikator-kodingen i timer, innrømmer dr. Mckay motvillig at han trenger hjelp fra søsteren sin, Jeanie. Men når hun forsvinner, drar McKay til jorden besluttet på å finne henne, og avdekke hvem som står bak kidnappingen.

Mens dr. McKay sliter med å finne ut hvorfor Stargate har vært inoperabel, krasjer en mystisk sonde inn i byen. En sveip av sonden tilbyr McKay et sjokkerende glimt av nanittkode før det diagnostiske programmet hans krasjer og alle dataene går tapt.

Bevæpnet med en måte å spore Replikator-skip på, streber Atlantis-teamet etter å eliminere Replikatorene én gang for alle. Nå haster teamet for å evakuere de menneskelige bosettingene i banen for de fremrykkende Replikator-styrkene.

Atlantis’ langdistansesensorer oppdager et signal fra en underromssporingsenhet kjent for dr. McKay. Teamet følger signalet til et skadet flokkskip som driver i rommet. I skipets arkiver oppdager de referanser til en hemmelig Skrømt-base.

Når en alarm går av, mistenker McKay at en svært smittsom sykdom har utløst byens beskyttelsessystem. Med vitale systemer påvirker, blir Atlantis-teamet fanget i forskjellige deler av byen uten noen vei ut.

Med ønske om å opprettholde diplomatiske relasjoner, følger Sheappard og McKay Harmony, en bråmoden ung prinsesse på en obligatorisk overgangsrite. De er imidlertid uvitende om at hun har fiender, og karakterfeil, som fortsatt må håndteres.

Når oberstløytnant John Sheppard får høre at faren hans har gått bort, returnerer han til jorden. Men der blir han innblandet i et farlig feilslått eksperiment – en replikator i menneskeform nå på frifot, som må fanges igjen, for enhver pris.

Under et utenomjordisk oppdrag i en landsby rystet av ville skjelv, blir ob. Samantha Carter, dr. McKay og dr. Keller fanget når de faller i et synkehull. Men alle forsøk på å komme seg ut av kammeret setter dem i ytterligere fare.

IOA har gitt mr. Coolidge ansvaret for å intervjue Teyla Emmagan og Ronon Dex om egnetheten deres til å fortsette med Atlantis-ekspedisjonen. Ukjent for alle, er en plan fra skrømtene om å invadere Midway-stasjonen i ferd med å igangsettes.

Teyla, mer besluttet enn noensinne på å finne de savnede athosierne, overbeviser Sheppard om å reise med henne til en handelsbosetting på leting etter svar. Det de finner der fører dem til en overraskende oppdagelse ingen kunne ha forutsett.

Etter en uforutsett retur, deler dr. Carson Beckett at han har blitt holdt fanget. Idet Teyla gjenforenes med noen av de savnede athosierne, begynner hun å legge en plan for å sikre at de kan flykte, hvis hun klarer å finne dem i tide.

Nedtrykt etter enda et mislykket søk etter Teyla, returnerer oberstløytnant Sheppard til Atlantis og føler at noe ikke er riktig – byen er forlatt. Nå drar McKay ut på en risikabel plan for å reversere en fremtid som gikk forferdelig galt.