NCIS ～ ネイビー犯罪捜査班

トニーは、ヨーロッパで遊び歩いているケンドール大将の娘アマンダを連れ戻すよう命じられる。やがてマルセイユ支局に到着したトニーは、皆殺しにされた現地職員たちを発見。そして、アマンダは姿を消していた。

MTACで極秘説明会が開かれる中、海軍長官のペンに盗聴器が仕掛けられていたことが発覚。ギブスとトニーは、2年前のレポートで同様の事態を予測していた情報分析官エリー・ビショップに会いに行く。

休暇中に死亡した海兵・ドーソンは何者かに尾行されていた。やがてトニーたちは、被害者が関わっていた諜報部門の任務を調べ始める。一方、ギブスは父が起こした事故で警察に呼び出される。

闇サイトを追っていた海軍情報部員がブタペストで爆死する。2週間後、国防総省に復職したデライラによって、犯人に関する情報がメールに隠されていたことが判明。ギブスたちは、デライラから極秘捜査を依頼される。

クリスマスの雰囲気に満ちた町で、軍人の子供たちが次々と謎の病気に感染。生物テロの可能性が浮上する中、アビーたちは病気の特定、ギブスたちは感染拡大を阻止するため最初の患者になった人物を探す。

テロ集団「疑いの同胞団」を追うギブスたち。フォーネルが次の表激と思しき人物の任される中、爆破事件が発生する。一方、トニーはジヴァを探すためにイスラエルに向かう。

石油プラットフォームでの訓練終了後、爆破事件が発生。予備役の海兵が死亡する。やがてNCISとCGISの合同捜査によって現場に爆弾が仕掛けられていたことが判明し、ギブスたちは容疑者を洗い出そうとする。

祝賀会に出席したデライラは、ベンハム・パーサの攻撃によって負傷。その後、手術に成功するもの容体が急変する。そんな中、ギブスたちは銃弾のDNAからパーサの運転手をつきとめる。

NCISチームは、米海軍船舶での火災を捜査する。船は、起訴されたテロリストを拘留する秘密の場所だった。その頃ギブスは、亡くなった父親を偲んで幼少期を過ごした家を訪れていた。

盗難された海兵隊物資を満載したトラックの中に、欠陥のある防弾チョッキが見つかった。NCISチームはその出所を特定し、海外に出荷された欠陥防弾チョッキすべてを追跡する必要に迫られる。

クアンティコ基地内でひき逃げ事件が発生。しかし、車の持ち主の二等軍曹ダンは無実を主張する。そして彼は、フォールズチャーチで人を刺し殺していたという衝撃的なアリバイを提示する。

海兵隊員フレグマンの死体が見つかり、現場ではピエロの目撃情報があがる。フレグマンが持っていた携帯電話の着信をたどってホテルに向かってギブスたちは、そこで意外な人物たちと出会う。

酸を浴びた女性の遺体が発見される。その女性はモレノ軍曹と名乗っていたが、軍曹本人は3年前に死亡していた。やがて、殺された彼女がアフガニスタンから迫害を逃れて密入国していたことが判明する。

ベンハム・パーサの用心棒と思しき死体がバージニアで発見される。しかし調査の結果、港湾局の職員だったことが判明。ギブスたちは、逃走を続ける用心棒を追う。

不眠が続くトニーは、暗号技術者の死体発見現場で顔に覚えのある男を見かける。やがて現場に残されたガムから、トニーが警官だった頃に警察の協力者となった人物のDNAが検出される。

シニアの突然の訪問を受けたトニーは、その直後に海軍将校の格好をした不審な男を発見。銃を向けられてやむを得ず男を射殺し、監察室の調査を受けることになる。やがて被害者が軍人に成り済ました私立探偵ニック･ボディーンであることが発覚し、ギブスたちは悪名高きボディーンについて調べを進めていく。一方、トニーに朗報を伝えに来たというシニアは、意外な人物と一緒にいるところをマクギーとビショップに目撃される。

軍のチャリティーコンサートを予定していた会場で爆破事件が発生し、２人が死亡する。爆弾は楽屋にあった魚雷に仕込まれており、その楽屋を使用していたのは80年代に活躍したロックスターのマンハイム･ゴールド。ギブスたちはマンハイムが標的だと考えて彼を保護下に置き、マンハイムに恨みを持つ人々を調べていく。一方、養子の誕生を目前に控えたパーマーは、ギブスやダッキーからアドバイスを受けながら準備を進める。

ニューオーリンズでマクレーン議員の死体が発見される。彼が元ＮＩＳ捜査官だったことから、ＮＣＩＳニューオーリンズ支局のプライド捜査官、通称"キング"はＤＣを訪れ、ギブスとヴァンスの協力を求める。ギブス、プライド、マクレーンはＮＩＳ時代にフェド５として活動しており、連続殺人犯ヴィクター･ロータの逮捕に尽力した経緯があった。しかしマクレーンの遺体がＦＢＩに奪われてしまい、ＮＣＩＳの捜査は困難を極める。

ニューオーリンズの湿地で特権キラーの手口による死体が発見され、犠牲者は増えるばかり。ギブスたちは模倣犯の仕業だと考えて捜査を進めていたが、特権キラーとして投獄されたロータの手紙をダッキーが分析したところ、ロータが元捜査官マクレーンに罪を着せられたと主張していたことが分かる。本物の特権キラーが生存中である可能性が浮上したことから、ギブスとプライドは真実を探るべく元フェド５の捜査官ベッツを訪ねる。

闇サイト"PX"を追っていた海軍情報部員ジョーンズがブダペストで爆死してから2週間。国防総省に復職したデライラがメールを分析すると、中には犯人に関する情報が隠されていた。デライラはボスからその情報を無視するよう命じられるが、ギブスたちに極秘で捜査を依頼。犯人の潜伏先と思われるアパートを調べると、なぜかジョーンズのDNAが検出され、さらなる調査でジョーンズが生存している可能性が浮上する。

帰港した空母の乗組員テイト少尉が死体で発見される。死体には殴り合った形跡があり、死亡直前に別の男と乱闘騒ぎを起こし、バーを追い出されていたことが発覚。さらに通話記録を調べると、テイト少尉がＮＣＩＳのＦ＆ＳＶ班と連絡を取り、友人の女性将校ファレル少尉のレイプ被害を報告していたことが明らかに。しかし、当のファレル少尉はレイプ事件を否定し、ＮＣＩＳの捜査に協力しようとせず...。

海兵隊の報道写真家ロウが撮影した写真をめぐり、軍法会議が開かれる。ロウは陸軍中尉ウォーターズが無実の村人を殺害したと主張していたが、軍法会議での証言を目前にして失踪。彼の自宅には脅迫状と薬物の入った注射器が残されていた。ギブスたちはウォーターズ中尉の部隊を怪しむ一方で、ロウがワシントンＤＣで取材していたホームレスの退役軍人たちに着目。そして彼の写真に多く写っていた犬連れの男性を捜すことに。

ケンドール大将の依頼で、大学を中退してヨーロッパで豪遊している娘アマンダを連れ戻すよう命じられたトニー。しかしマルセイユ支局に到着すると現地の職員が皆殺しにされており、アマンダの姿は消えていた。その後、クラブでアマンダを発見するものの、罠にかけられたトニーは地元警察に追われる身に。一方、ワシントンＤＣの浄化槽から死体が発見され、ギブスたちの捜査によってトニーの事件との意外な接点が明らかになる。

ギブスの元に故郷スティルウォーターからある訃報が届く。ギブスが帰郷した矢先、"疑いの同胞団"のメンバーが海軍の船から逃亡したという報告が入り、ＮＣＩＳがテロリストたちを捜索することに。ヴァンスはギブスへの連絡を禁じてトニーに指揮を執らせるが、捜査を進めていくと過去の事件との意外な関係性が明らかになる。一方、ギブスは故郷で父ジャクソンの店の従業員と出会う。