NCIS ～ ネイビー犯罪捜査班

ディアリングの仕掛けた爆弾により、壊滅的な被害を受けるNCIS本部。ギブスたちがFBIと合同捜査にあたる中、ディアリングは犯行を繰り返しながら逃走を続ける。

4ヵ月行方不明になっていたNCIS施設のマネージャーの遺体が発見され、チームは捜査を開始する。チームに精神鑑定が義務づけられる中、ギブスはアビーが何度も見る悪夢のことを気にかける。

12年前に事故死と断定された検視結果に疑いを持ったダッキーは、ロバーツ中佐の遺体発掘を申請する。やがて、その遺体が捜査中の事件に関わっていることが明らかになる。

ヘリコプター乗組員の訓練中に悲惨な墜落事故が起きる。NCISチームは原因を究明し、行方不明のパイロットを捜索する。ジヴァは、マクギーとトニーにある賭けを持ちかける。

スポーツカーの中で、水兵が射殺される。ホテルの駐車係として働いていた彼は、客の車を勝手に乗り回していた。凶器の出どころをつきとめたギブスとトニーは、訪れた質屋で意外なものを見つける。

海兵隊員が中東から帰還して間もなく、残忍な襲撃によって殺害される。NCISチームは、被害者の友人である大尉に話を聞く。大尉は、心的外傷後ストレス症候群を患っているようだった。

ウェストコット大尉は、テロリストを追跡するギブスらへの助力を続ける。アビーはNCISの感謝祭ディナーに興奮。トニーはジヴァに特別な計画があることを知り、興味を抱くのだった。

10代の少女が拉致され、ジヴァはその誘拐現場に居合わせた少女の友人の面倒を見ることになる。トニーは、ジヴァが別の男性との予定があることを知って妙な反応を見せる。

FBIのフォーネル捜査官が銃撃に遭うも返り討ちにする。そして彼はNCISチームと合同捜査班を立ち上げる。ギブスとフォーネル双方の元妻であるダイアンがマクギー宅で一夜を過ごし、様々な憶測が飛び交う。

海軍中佐の夫が死体で見つかり、遺留品から謎の100ドル札が出てくる。それは、まだ外部に流出していないはずの未発行の新札だった。やがてギブスたちは、シークレットサービスの捜査官と共に捜査にあたる。

海軍二等兵曹の身分証を身につけた死体が川で発見される。しかし、殺されたのは海軍の記事を書いていた記者だった。そんな中、二等兵曹のルームメイトたちが次々と自白を始め、捜査を混乱させる。

モサド局長イーライ・ダヴィードとヴァンスの妻ジャッキーが、襲撃を受けて死亡する。ヴァンスとジヴァが捜査から外される状況の中、ギブスたちは、戦争を回避しながら黒幕を追い詰めようとする。

海兵隊のダン上等兵が、民間人の女性と共に死体となって見つかる。現場の状況から当初は車の転落事故と思われたが、彼らは転落前に撲殺されていた。やがて2人の親同士の因縁の関係が明らかになる。

MTACをハッキングして潜入捜査官を死亡させたサイバーテロリスト・カーンが逮捕される。ギブスたちは黒幕をつきとめようとするが、口が堅いカーンに苦戦。そこで、極秘でグアンタナモ収容所に移送しようとする。

訓練中の海兵が死亡する。彼の体には無数の殴られた痕が残っていた。彼が多額の現金を手にしていたことから、ギブスたちは違法ファイトの存在をつきとめ、ケンカの相手を取り調べる。

洗浄剤を一気に飲んで自殺した海軍大尉の死体を搬送するダッキーとパーマー。その途中、謎の3人組が現れて彼らを誘拐し、死体を解剖するよう迫る。

12万ドルを盗んで逃走中の上等兵を追うギブスたちは、バハマに彼の恋人がいることをつきとめる。トニーと新人捜査官ドーニゲットが現地に向かう一方、ギブスは行きつけの理髪店の主人から相談を持ちかけられる。

軍用犬のハンドラーとしてアフガニスタンに派遣されたテッドが、スナイパーに撃ち殺される。タリバンによる仕業と現地で推測される中、不可解な動画を受け取ったテッドの妻がNCISを訪れ、捜査を依頼する。

スコールの中、空母で船医の死体が発見される。その空母には、マクギーの父親である大将が乗艦していた。ほぼ絶縁状態だった親子が衝突する中、ギブスたちは海上勤務の捜査官と封鎖された空母で捜査を始める。

海兵隊の女性予備役の夫が行方不明となり、自宅のリビングルームが血だらけだったため、彼女はNCISに助けを求める。トニーは、ジヴァが父の敵討ちを考えていることを案じる。

モサド局員のマンテルが、アメリカ滞在中に殺される。ある派閥のモサド局員による殺人と考えたモサド新局長のオーリ・エルバズは、NCISを訪れ、ヴァンスとギブスに合同捜査を持ちかける。

ベルリンから帰国したトニーとジヴァは、別の車に追突される。ギブスたちは、現場からダイヤを持ち去ったボドナーの住所をつきとめ、銃撃戦の末に別人の死体を発見する。

基地内で騒ぎを起こした下士官が、誰かに追われていると訴える。それが妄想か否か、チームは見極めようとする。そんな中、国防総省の調査官が現れ、ボドナー死亡事件におけるチームの対応を精査する。

イーライ・ダヴィードとジャッキー・ヴァンスを殺害した犯人の国際的な捜索が続く。そのさなか、ギブスが使ってきた型破りな手法が問題視され、彼は窮地に陥ることになる。